Det er viktig at man har et fornuftig, konsistent oppsett av de vindusstyrerne som vil være i bruk tidlig. Med tiden vil brukere alltid lage egne oppsett, men hvis disse i det minste har et felles utgangspunkt er det langt lettere både å bruke og vedlikeholde. Dessverre er det ikke mulig på samme måte som for ressurser eller shell-initialiseringsfiler å sette opp et utgangspunkt og så la brukeren overstyre selektivt.
En vanlig feil som ofte blir gjort ved oppsett av vindusmanager er at man binder enkelttaster (F1 eller lignende) opp mot basis-funksjoner som ``raise'' eller ``start xterm''. Dette blir ofte et problem senere: En applikasjon kan meget vel tenkes å behøve akkurat den taste-kominasjonen for sine egne formål (Ingres er et beryktet eksempel).