En del applikasjoner må regnes som basis-applikasjoner i ethvert datasystem. I tillegg kommer selvsagt de spesifikke applikasjoner (CAD-systemer, databaser, etc.) som man trenger.
For shell-programmering bør man i det minste ha tilgjengelig: awk, sed, tr, diff, cmp, ed, vi og perl. Det siste er dessverre ikke vanlig enda, men er absolutt noe å satse på.
For (ut)pakking og flytting av kataloger bør man ha alle disse verktøyene: tar, compress, pack og cpio.
Programmeringsomgivelser: Personlig føler jeg at ikke noe Unix-system er komplett uten de programmeringsomgivelser som er Unix sin største styrke. I enkelte miljør kan nok maskiner klare seg uten C-kompilator, men personlig ville jeg aldri anbefale noen å sette opp en Unix-maskin uten verktøy som C-kompilator, lex og yacc, revisjonskontroll (rcs, sccs og patch), make, assembler, debugger og så videre - og i tillegg føler jeg meg definitivt tryggest hvis jeg har ihvertfall et par C-kompilatorer å velge mellom!
Nettverk: De fleste Unix-maskiner er tilkoblet et TCP/IP nettverk, og da trenger man selvsagt en rekke applikasjoner for å kunne utnytte dette. Basis-applikasjonene er telnet, ftp, mail, og news - uten disse har man liten nytte av nettverket! Ekstra applikasjoner som man kan installere mer etter behov er rlogin og rsh, samt ekstra mail- og newslesere.